De los interiores con que se puede relacionar a Diego de Siloé, la única intervención conocida es la de 1534 en el colegio Imperial o Universidad (hoy curia Eclesiástica), cuya organización estuvo a cargo del Arzobispo Gaspar de Ávalos, y en funcionamiento dos años antes.
Gómez-Moreno publicó la carta que Ávalos dirigió desde Almería al marqués de Mondéjar pidiéndole que acudiera a la obra de tal Colegio porque le habían dicho «que, siguiendo la traza del asiento de los mármoles del patio y corredores, quedará muy desgraciado todo el edificio»; al tiempo que proponía al marqués remediarlo «mandando venir ay a Siloé, porque pongan luego mano en lo que la pareciere».
Este edificio completaba un núcleo urbanístico de significaciones político-religiosas eminentes, constituyendo su fundación en 1526 una importante decisión institucional, de derecho público, provocada por las exigencias de formación de los eclesiásticos y la burocracia regia y por la urgencia de integrar políticamente a la colectividad morisca, como se expresa en la Bula Fundacional de Clemente VII y en la epigrafía latina de la fachada.
Así, los específicos desarrollo culturales moriscos son liquidados por la imposición de una práctica dominada por el horizonte ideológico escolástico.
En adelante, los ambiguos funcionamientos de esta institución, fundación pública controlada por el poder eclesiástico, provocarán un contencioso entre el episcopado y los seglares, acentuado por la jerarquía contrarreformista durante el pontificado de Pedro de Castro, que se extenderá hasta la reforma del siglo XVIII, en que también se cambiará su emplazamiento, en 1769, tras la expulsión de los jesuitas, al edificio del colegio de San Pablo de Compañía.
El edificio se mantiene, aunque en su actual destino haya desaparecido la heráldica imperial de la fachada, cuya portada es obra de Juan de Marquina, de 1530.
La decoración plateresca de las ventanas fue diseñada por Sebastián de Alcántara en 1543, a quien se deben también las bóvedas rampantes artesonadas de la escalera y aun el patio (según Gómez-Moreno), que a sus dos cuerpos con arquerías sobre columnas toscanas muy delgadas (que albergaban respectivamente las aulas de la Universidad y el Colegio Imperial de la Santa Cruz de la Fe), añade un tercer cuerpo de poca altura con doble número de arquillos rebajados sobre columnas, y una cornisa con gárgolas en forma de leones alados, similares a los que proyectó Siloé en lo alto de la Casa de los Miradores.
Sin embargo, como señala el mismo autor atendiendo a su molduraje y proporciones, no parece ser obra de Siloé, que actuaría fundamentalmente como consultor.
Al igual que otras fábricas de importancia realizadas para instituciones, la arquitectura educativa solo utilizó la carpintería mudéjar con un deseo preciso de ahorro.
Así, en el edificio de la antigua Universidad encontramos un importante grupo de alfarjes que revelan la maestría de los carpinteros que intervinieron en su elaboración.
El primitivo paraninfo, frontero a la puerta de entrada, conserva uno de los ejemplos más significativos del conjunto, labrado entre 1538 y 1539. La cabecera tiene un artesonado renacentista, pero el resto de la estancia se cubre con un alfarje y sirve de transición entre ambos elementos una calle con esquemas mudéjares y motivos decorativos renacentistas.
De este esquema varían el correspondiente a la biblioteca, en la segunda planta, y los pisos superiores desaparecidos en el incendio acaecido el 31 de diciembre de 1982.
Todo estos trabajos de carpintería se hicieron a partir de 1537. Los alfarjes fueron trabajados, según Gómez-Moreno, por Juan Fernández, hermano del maestro Rodrigo Hernández.
El segundo tramo de la escalera se cubre con una armadura rectangular con perfil de las limas moamares. Tanto los faldones como el almizate están apeinazados en su totalidad con lazo de diez. Gómez-Moreno la atribuye al maestro Miguel, que debió de realizarla en 1530.
No obstante, la armadura existente en la actualidad no es, sin duda, la de este carpintero, ya que su concepción del lazo difiere totalmente de la maestría de los alarifes del siglo XVI.
Las estrellas, ante la imposibilidad de su realización, aparecen pintadas en perspectiva para dar sensación de profundidad. La obra original debió de arruinarse; la existente puede datarse como del siglo XVIII.
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